Z państwa w okresie międzywojennym względnie jednolitego narodowo (Estończycy 88,2%) stała się Estonia za sprawą trwającej 50 lat przynależności do ZSRR krajem z dużą grupą napływowej ludności rosyjskojęzycznej (Русскоязычные). Przy końcu tej epoki (1989) stosunek Estończyków do liczonych razem Rosjan, Ukraińców i Białorusinów kształtował się 61,5% do 35,1%. Od restytucji niepodległości ulega on sukcesywnej zmianie na korzyść ludności tytularnej. I tak 2011 Estończycy stanowili już 69,72%. Rosjan było 25,2%, Ukraińców 1,74%, Białorusinów 0,97%. Estończycy i Wschodni Słowianie tworzą więc obecnie dwie podstawowe grupy narodowościowe kraju. Gwoli pełni statystycznej można wspomnieć o śladowej liczbie Finów (0,59%), Tatarów (0,15%), Żydów (0,15%), Łotyszy (0,14%), Litwinów (0,13%) i Polaków (0,13%). Rosyjskojęzyczni są ludnością wybitnie miejską. Ich odsetek z reguły wzrasta wraz z wielkością miejscowości. W liczbie ok. 340 tys. (2010) koncentrują się głównie w rejonie stolicy kraju oraz w wielkoprzemysłowym pasie wschodniowirońskim (Narva, Kohtla-Järve, Sillamäe, Jõhvi). Na tym ostatnim obszarze centrum tej mniejszości stanowi miasto Narwa, w którym mówiących po rosyjsku jest ok. 95%. Podobnie jak w dwóch pozostałych państwach bałtyckich dużo żyje ich także w miastach mniejszych, ale pełniących, zwłaszcza w okresie radzieckim, rozmaite ważne funkcje w gospodarce narodowej (np. Tapa). Również jako całość maakondy posiadające w swych granicach stolicę kraju oraz wielkie skupienie przemysłu ciężkiego są najsilniej zamieszkane przez rusofonów (Ida-Virumaa 72,8%, Harjumaa 31,3%). Najmniej Rosyjskojęzycznych żyje w Saare maakond (1,0%) i Hiiu maakond (0,7%). Z kolei tereny wiejskie są w przeważającej mierze estońskie. Wyjątek stanowią tu brzegi jeziora Pejpus, zasiedlone kilka stuleci temu przez rosyjskich staroobrzędowców, szukających na tych terenach schronienia przed prześladowaniami w Rosji i do dziś zachowujących swą odrębność. Element wschodniosłowiański obecny jest zresztą na ziemiach estońskich praktycznie od początku dziejów pisanych. W okresie rządów carskich Rosjanie stanowili 5,0% ludności guberni estlandzkiej i 5,2% guberni liwlandzkiej (1897). W międzywojennej Estonii byli najliczniejszą mniejszością narodową (8,2%). Na jej podówczas względnie wysoki odsetek składała się jednak w niemałej mierze rosyjska ludność Zanarwia oraz Kraju Pieczorskiego. Odrodzona Republika Estońska wprowadziła restrykcyjne zasady przyznawania swego obywatelstwa. Za obywateli automatycznie uznano jedynie osoby będące nimi przed aneksją kraju przez Związek Radziecki oraz ich potomków. Reszcie, czyli w praktyce ludności rosyjskojęzycznej przybyłej do Estonii po 1940, postawiono do spełnienia specjalne warunki, z których najważniejszy to znajomość języka estońskiego. Tym oto sposobem w pierwszych latach niepodległości liczba obywateli ograniczona była de facto do etnicznych Estończyków. Wedle ostatnich danych (2015) obywatelstwa wciąż nie posiadało ok. 80 tys. osób. Przez część Estończyków napływowa ludność rosyjskojęzyczna uważana bywa za obcokrajowców. Już w ostatnich dekadach Związku Radzieckiego doświadczała ona ze strony Estończyków różnych form ksenofobii czy nawet rasizmu. Tym godnym najwyższego potępienia postawom sprzyjała w pewnym sensie struktura społeczno-zawodowa. Rosyjskojęzyczni (poza wojskowymi) stanowili bowiem głównie pracującą w wielkim przemyśle siłę roboczą, podczas gdy Estończycy znacznie częściej znajdywali zatrudnienie w miejscach związanych z kulturą czy sferą zarządzania. Formalnie lepiej wykształceni byli na ogół grupą o wyższym statusie socjalnym, tworząc kategorie wedle obecnej terminologii definiowane jako szerokie klasy średnie. Z całą pewnością sprawa obecności rusofonów w Estonii (oraz na Łotwie) nie jest tak prosta i jednoznaczna jak chce ją widzieć część miejscowych środowisk politycznych. Przeciwnie, stanowi kwestię złożoną i delikatną, a być może nawet bezprecedensową w skali świata. Mimo pewnych postępów po wejściu państw bałtyckich do Unii Europejskiej jest ona wciąż daleka od rozwiązania takiego, które z jednej strony nie narażałoby na szwank zbiorowej estońskiej dumy narodowej, z drugiej zaś nie krzywdziło jednostek ludzkich, które mówią, myślą i czują po rosyjsku.
Nadzwyczaj ważną grupą narodową obecną w przeszłości na ziemiach estońskich byli Bałtyccy Niemcy vel Bałtowie Niemieccy (Deutsch-Balten, Deutschbalten; Baltisakslased, Vācbaltieši). Zwykle wywodzili się oni z osadników rycerskich, którzy w ramach średniowiecznej Deutsche Ostsiedlung napływali na tereny estońsko-łotewskie po podboju tychże przez Zakon Kawalerów Mieczowych w XIII w. Ich odsetek generalnie nigdy nie przekraczał dziesiątej części populacji. Od samego początku stanowili jednak element dominujący politycznie, a tym samym ekonomicznie, przede wszystkim jako wielcy posiadacze ziemscy tworząc w społeczeństwie feudalnym najwyższą warstwę socjalną. Zasilali także górne sfery duchowieństwa oraz składali się na zamożny trzon mieszczaństwa we wznoszonych przez siebie miastach. Swą uprzywilejowaną pozycję zachowali praktycznie nieprzerwanie po początek XX w. Pod rządami carskiej Rosji reprezentantem interesów niemieckiego ziemiaństwa były cztery tzw. Rycerstwa (Estländische Ritterschaft, Oeselsche Ritterschaft, Livländische Ritterschaft, Kurländische Ritterschaft). W dobie kształtowania się nowoczesnej świadomości narodowej używano na określenie miejscowych Niemców słowa Balten (nie włączając w ten zakres rzecz jasna ludności estońskiej i łotewskiej). Etniczne doprecyzowanie (Deutsch-Balten) nastąpiło nieco później. W niemieckim języku urzędowym stosowano także określenie Deutschrussen. Z kolei w języku rosyjskim funkcjonowało m.in. Остзейские немцы (od niem. Ostsee). Estlandię, Liwlandię i Kurlandię określano czasami wprost mianem niemieckich guberni. Przy końcu XIX w. żyło Bałtyckich Niemców 46 tys. w Estonii (5,3%) i 120 tys. na Łotwie (6,2%). Przeprowadzona tuż po uzyskaniu niepodległości radykalna reforma rolna, znosząca wielką własność ziemską, spowodowała częściową ich emigrację z obu państw bałtyckich. Przed II wojną światową stanowili jeszcze 1,5% ludności Estonii oraz 3,3% Łotwy. Koniec bałtyckiej niemczyźnie położyły polityczne ustalenia 1939 pomiędzy III Rzeszą a ZSRR. Jako część ogólnoeuropejskiej akcji Heim ins Reich rozpoczęła się na apel władz z Berlina jesienią tego roku uzgodniona z rządami Estonii i Łotwy ewakuacja ludności niemieckiej z Bałtyki. Uważana przez ideologię narodowosocjalistyczną za tzw. rasowo wartościową (rassisch wertvoll) określana ona teraz była mianem Baltendeutsche (per analogiam do Sudetendeutsche). Nie obyło się bez pewnej presji psychologicznej: "Wer sich in diesen Tagen von seiner Volksgruppe löst, um im Lande zu bleiben, scheidet sich für alle Zeiten vom deutschen Volke. Er muß das wissen, denn sein Entschluß gilt für Kinder und Kindeskinder. Und er ist nicht rückgängig zu machen" (Rigasche Rundschau 30 X 1939). Większość przesiedlona została już do końca roku. Gros Bałtoniemców skierowano na zaanektowane obszary Polski Zachodniej, do okręgów Wartheland (Kraj Warty) i Danzig-Westpreußen (Gdańsk-Prusy Zachodnie). Późniejsi przesiedleńcy (1940–1941) trafiali w granice Starej Rzeszy. Resztka uciekła pod koniec wojny przed zbliżającym się frontem lub została deportowana po 1945. Tak oto w dziejach ziem bałtyckich dobiegła ostatecznego kresu epoka swe korzenie mająca w odległym średniowieczu. Na przestrzeni prawie siedmiuset lat cechowała się ona w głównej mierze bezwzględną supremacją niemiecką nad rodzimą ludnością estońską i łotewską. Z drugiej jednak strony wniosła również istotny oraz trwały wkład w ukształtowanie kulturowego pejzażu tej części Europy.
Kolejna żyjąca ongi na ziemiach estońskich grupa narodowa to Szwedzi Przybrzeżni (Rannarootslased, Küstenschweden) inaczej Szwedzi Estońscy (Eestirootslased, Estlandssvenskar). Zgodnie z tym pierwszym mianem zamieszkiwali oni u estońskiego wybrzeża zachodniego oraz na przyległych doń wyspach. Stąd też w języku szwedzkim obszar ten nosił nazwę Aiboland, a tym samym tamecznych Szwedów określano potocznie jako Aibofolke lub Eibofolke (Wyspiarze). Na Aiboland (Egeland) składały się na stałym lądzie tereny wokół miasta Hapsal (Haapsalu) wraz z sąsiednim płw. Nuckö (Noarootsi) tudzież m.in. wyspy Dagö (Hiiumaa), Moon (Muhu), Nargö (Naissaar), Odensholm (Osmussaar), Ormsö (Vormsi), Runö (Ruhnu), Rågöarna (Pakri saared) i Ösel (Saaremaa). Były to więc głównie historyczne ziemie Saare-Lääne (Ösel-Wiek). Przybycie na nie ludności szwedzkiej ma związek z chrystianizacją kraju. Źródłowo obecność Szwedów poświadczona jest od 1294. Będąc ludźmi prawnie wolnymi estońscy Szwedzi trudnili się zwykle rybołówstwem, hodowlą bydła i rolnictwem, połowami zwierząt płetwonogich (zwłaszcza na wyspie Ruhnu), a późniejszymi czasy także żeglugą morską. W ośrodkach miejskich częstokroć identyfikowali się z ludnością niemiecką. Na Saremie ludność szwedzka zanikała już w XVII w. W kolejnym stuleciu miała miejsce ekspatriacja części Szwedów Przybrzeżnych z Hiumy; wywędrowali oni na zdobyte na Turkach obszary Noworosji, zakładając tam wieś Gammalsvenskby (Altschwedendorf, Старошведское). Na przełomie XIX i XX w. Szwedzi stanowili 5,6% ludności Haapsalu kreis (Гапсальский уезд). Po uzyskaniu niepodległości (1918) większość pozostała w Estonii. Za Szwedów uważało się wówczas ok. 8 tys. osób (0,7%). Pomiędzy mniejszościami narodowymi lokowało ich to na trzeciej pozycji za Rosjanami i Niemcami. Szwedzi przeważali wśród mieszkańców m.in. wysp Ruhnu i Vormsi. Obok stosunkowo licznych szkół ludowych posiadali gimnazjum działające w Haapsalu. 1943–1944 niemal wszyscy opuścili Estonię z pomocą Czerwonego Krzyża i udali się do Szwecji. Spis ludności 1989 wykazał niespełna 300 Szwedów. Od 1992 funkcjonuje w Haapsalu muzeum poświęcone Szwedom Przybrzeżnym. W estońskiej i szwedzkiej wersji językowej podawane są nazwy miejscowości w gminie Noarootsi (Noarootsi vald, Nuckö kommun). Po Szwedach zostały m.in. lokalne zwyczaje, gwary języka estońskiego, formy budownictwa wiejskiego (JS).